少年三国志系列游戏中的特色将领系统是核心玩法之一，不同阵营和类型的武将拥有独特的技能与定位。蜀国的关羽、张飞、赵云等以高爆发和生存能力著称，关羽的青龙偃月技能能对前排造成大量物理伤害并附带额外暴击率，张飞的天神狂怒则能威慑敌人并提升团队暴击率。魏国的曹操、司马懿擅长控场与持续输出，曹操作为全能型武将兼具攻防能力，司马懿则以群体减益和怒气干扰为主。吴国的周瑜、孙尚香侧重火攻与辅助增益，周瑜能降低敌方防御并造成范围伤害，孙尚香则为队友提供攻击加成。群雄阵营的董卓、吕布以高额单体输出见长，董卓通过牺牲士兵回复生命，吕布则凭借突击能力突破敌阵。
军师系统是少年三国志的革新设计，黄月英、诸葛亮等军师能改变战场格局。黄月英可建造拒马和箭塔阻挡敌军，诸葛亮则提供群体控制与怒气恢复。部分军师还具备专属兵种强化能力，例如周瑜能提升弓兵流派的输出效率，荀彧则增强队伍的防御与治疗。军师技能需手动释放，时机选择直接影响战局，合理搭配军师与武将的羁绊效果可激活额外属性加成。
兵种克制机制为战斗增加了策略深度，游戏内盾兵、轻骑、弓手等六大兵种存在相互克制关系。轻骑兵可突袭后排谋士与弓兵，盾兵则能有效阻挡骑兵冲锋。武将的统兵等级决定小兵强度，解锁西凉铁骑等特殊兵种需完成特定任务。布阵时需根据敌方阵容调整站位，例如对抗多谋士队伍时，可将轻骑兵部署于侧翼快速切入后排。
暗金将和名将系统进一步扩展了养成维度。暗金将如伍子胥拥有三重大招的独特机制，名将孙膑则能扰乱敌方阵型。转换阵营需消耗忘川水等稀有道具，且会重置部分养成进度，因此需提前规划阵容发展方向。部分联动角色如李寻欢携带专属飞刀技能，其高单体伤害适合快速击杀关键目标。
武将突破与技能强化是提升战力的关键环节。突破需消耗突破石与突破丹，优先突破核心输出将可显著提高队伍上限。技能升级需平衡资源分配，主力武将的主动技能应优先满级，辅助类武将则侧重被动增益效果。通过挑战名将副本可获得残卷等稀有资源，用于激活列传属性提升整体实力。
