作为同属游族网络旗下的三国题材卡牌游戏，少年三国志零与少年三国志2在核心玩法上存在本质区别。少年三国志零采用独创的4x4布阵系统，将传统卡牌战斗升级为实时策略对抗，玩家需要操控六大兵种主将搭配军师技能，实现128名士兵同屏作战的战场效果。而少年三国志2延续了前作的回合制卡牌框架，通过兵符系统扩展合击技能组合，更注重武将养成的深度与阵容搭配的稳定性。两者在战斗节奏上形成鲜明对比，前者强调即时操作与战场应变，后者侧重长线培养与数值积累。
兵种机制是少年三国志零最具辨识度的设计创新。游戏将武将划分为重骑、轻骑、步兵、盾兵、弓手、谋士六类，每类主将携带特定兵种并受站位规则限制，如前排仅能部署步兵盾兵，后排专属弓手谋士，骑兵则拥有全地图机动性。这种设计迫使玩家必须研究兵种克制关系，例如用骑兵突袭敌方后排弓手。反观少年三国志2仍采用传统九宫格站位，虽然新增了兵符系统提供额外技能，但本质上仍属于数值叠加的回合制对抗，缺乏实时战术调整的空间。
少年三国志零将军师设定为独立于武将的战术核心，玩家需要手动释放黄月英的拒马箭塔或郭嘉的控场技能来扭转战局，这种即时策略元素与少年三国志2的自动触发型军师技能形成强烈反差。后者更倾向于将军师作为属性加成模块，其技能效果往往直接绑定武将连携，例如步练师的群体治疗需特定武将激活，缺乏前者的操作参与感。
养成体系方面，少年三国志零通过赛季制玩法持续刷新内容，如跨服夺城和限时兵典关卡要求玩家频繁调整阵容；少年三国志2则延续经典的红将培养、神兵洗炼等长线成长路线，其时空外传等副本更考验固定阵容的极限强度。这种差异导致前者适合偏好策略变化的玩家，后者则对资源规划能力要求更高。少年三国志零的流派组合如黄巾召唤流、烈焰复合流等都具有明确破解思路，而少年三国志2的阵营光环更依赖稀有武将收集。
少年三国志零通过实时操控与兵种策略开辟了新赛道，少年三国志2则在传统卡牌框架内深化养成维度。选择哪款作品取决于玩家更青睐即时战术博弈还是深度数值成长，两者分别代表了三国卡牌手游不同发展方向上的探索成果。
